1 сезон
Линкольн Бэрроуз (Доминик Пёрселл), парень неблагополучный, бывший наркоман - находится под стражей в тюрьме строгого режима "Фокс Ривер" в ожидании смертной казни за убийство брата вице-президента. Разумеется, он этого убийства не совершал. Поэтому младший брат Линкольна Майкл Скофилд (Вентворф Миллер) решает спасти своего брата и устроить побег из тюрьмы. Вот только для реализации плана Майкл устраивает фальшивое ограбление банка, отказывается от адвоката и сам садится в ту же тюрьму, где ждет казни его брат. В свое время он работал в фирме, которая занималась планированием объекта "Фокс Ривер" и знает немало интересных особенностей всех помещений. Вся необходимая информация всегда находится при Майкле, поскольк у перед отправкой на тюремные нары он сделал себе впечатляющее тату на теле. В то время как Майкл работает над выполнением плана в тюрьме, знакомясь с местными авторитетами и готовя побег века, подруга братьев - адвокат Вероника Донован (Робин Танни) занимается собственным расследованием убийства вице-президента. Она пытается выяснить, кто же подставил Линкольна и кто стоит за чередой убийств, связанных с этим делом.

2 сезон
Второй сезон, главным образом, сосредоточен на 8 беглецах. Появились новые персонажи: специальный агент ФБР Александр Махоуни (Уильям Фихтнер), который преследует беглецов, агент Секретной Службы Билл Ким (Регги Ли), посредник между Келлерманои и президентом Рейнолдс и другие. "Второй сезон - это просто хаос" - говорит создатель сериала Пол Шеринг. "Мы раскидали наших парней в четыре разных уголка страны. Они все свободны. Мы буквально освободили их из клетки и теперь они будут все делать то, что захотят. И у всех у них свои концовки игры, которые были нами поставлены ещё в первом сезоне".